安南區在不到300年前仍是一片汪洋,屬於臺江內海的一部份,內海外緣臨臺灣海峽處有北線尾等沙洲。
據史載,清領時期乾隆年間即開始有海埔新生地浮出,遭百姓圍墾。道光3年(1823年)曾文溪改道使得內海快速淤積,沿海居民據地圍墾、搭建臨時草寮,故形成許多「藔」字地名,日治後日人再改作「寮」。古時有臺江十六寮(草湖寮、南路寮、中洲寮、溪頂寮、陳卿寮、和順寮、總頭寮、新寮、布袋嘴寮、溪心寮、海尾寮、本淵寮、公親寮、學甲寮莊、溪南寮、五塊寮)的說法,即為歷史之見證。
由於百姓搶地圍墾弊端多,後來官府介入。據《臺灣采訪冊》記載,「道光七年,孔道憲以浮埔略堪耕種,曾經委員會同臺、嘉二邑勘丈給墾。」開墾改由官方給照,並劃定界線。
日治初期,此地大部份屬外武定里。1920年台灣總督府實行五州制,該地設安順庄,隸臺南州新豐郡。當時安順庄濱海尚有臺江內海遺留的水域,唯此後漸漸陸化;復加上1938年4月1日原北門郡七股莊土城子、青草崙兩個大字因曾文溪下游改道,使得該地居民與安順莊交流日漸,遂順應民情改隸安順庄,使得安順庄面積不斷擴大。戰後設臺南縣新豐區安順鄉,而後於1946年3月10日併入省轄臺南市。新區名取安順與臺南之意,合稱為安南。